La Col·lecció fílmica comença amb 350 títols del productor i cineasta català Ignasi F. Iquino, procedents del traspàs de competències de la Filmoteca Nacional a la tot just creada Filmoteca de la Generalitat de Catalunya l’any 1981. Durant aquest període, i fins l’entrada en funcionament de la seu de l’Arxiu (actualment anomenat Centre de Conservació i Restauració) el 1992, s’activen tots els recursos disponibles per a la recuperació del cinema català. Es compra i s’accepta tot tipus de material en suport cinematogràfic. Les col·leccions rebudes en aquesta etapa són molt importants, ja que en molts casos es tracta de films catalans de l’època republicana, recuperats i ocultats durant el franquisme. Així passen a formar part dels fons de la Filmoteca les col·leccions fílmiques de l’Institut del Teatre; la Col·lecció Cinematogràfica Catalana, COCICA; la col·lecció particular de Miquel Porter i Moix, amb molts títols de cinema català de l’etapa muda, i altres fons provinents de diversos particulars i distribuïdores.
És durant aquesta etapa que l’Arxiu comença a rebre les Entregues obligatòries per ordre de subvenció: des de 1981 tota productora que realitzi una obra cinematogràfica i rebi una subvenció de la Generalitat de Catalunya està obligada a entregar-ne una còpia en bon estat a la Filmoteca de Catalunya.
Amb la nova seu de l’Arxiu de la Filmoteca a l’edifici de “La Campana”, els treballs de localització i recerca de patrimoni fílmic augmenten. Destaca especialment, el 1996, una campanya de recuperació de fons en el marc de les activitats de la celebració del centenari del cinema a Catalunya. També és durant aquest període que un col·leccionista anònim dóna 350 títols dels orígens del cinema universal, títols datats entre 1896 i 1909. Es tracta de còpies originals de l’època, moltes pintades a mà o estergides, cosa que té una enorme rellevància, ja que les restauracions antigues de molts d’aquests films es van realitzar en blanc i negre per falta de la tecnologia necessària. Avui el cinema d’aquest període s’ha revaloritzat, i les presentacions de les restauracions d’aquesta col·lecció fetes per la Filmoteca han rebut reconeixement internacional.
L’any 1999 tanquen els laboratoris cinematogràfics Fotofilm-Riera. Després d’un llarg procés judicial, bona part d'aquest fons ingressa a la Filmoteca. Es tracta de negatius originals de cinema, especialment català, dels anys 60 als 90. El fons consta de més de 60.000 llaunes, atribuïbles a 15.000 títols. Paral·lelament s’inicia una col·lecció de clàssics del cinema universal per a projectes educatius. A partir de l’any 2003, hi ha una modificació de les Entregues obligatòries per ordre de subvenció a la indústria cinematogràfica i es comencen a exigir materials intermedis, en lloc de còpies d’exhibició, per tal de garantir la seva millor conservació (tot i això, els ajuts al doblatge al català mantenen l’entrega d’una copia d’exhibició en bon estat). Així mateix, per a les ajudes que concedeix el Ministeri de Cultura a través de l’ICAA, Instituto de Cinematografía y de las Artes Audiovisuales, s’accepta que els materials que s’han de lliurar de manera obligatòria per ordre de subvenció, es puguin dipositar a la Filmoteca de Catalunya.
L’any 2014 és el primer any en que totes les entrades de producció catalana es realitzen en sistemes digitals, i això determina la necessitat de consensuar i establir nous processos d'acord amb l’objectiu de llarga conservació que persegueix el 2CR. Finalment el 2017 s’implementa un nou sistema de conservació digital. Durant aquest canvi tecnològic total, per primer cop al nostra país, hi ha hagut una institució amatent a no permetre que les pèrdues massives del passat es repetissin. El mateix 2017, la nova Llei de Dipòsit Legal, reconeixia a la Filmoteca com a centre de conservació, assegurant d’aquesta manera que tota pel·lícula catalana, hagi o no rebut ajuts públics, ha de ser dipositada a la Filmoteca. Assegurat el futur, és hora de recuperar tot el que puguem localitzar de cinema català o relacionat amb Catalunya arreu.